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12.000 Jahre nach dem Krieg gegen die Schattenengel verbringt Amata Sora seine Tage damit, in einem Kino zu arbeiten, bis er ein Mädchen in seinem Alter namens Mikono Suzushiro trifft und sich anfreundet. Ein Entführer-Angriff unterbricht Amatas Date mit Mikono. Als Aquaria-Kämpfer auftauchen, um die Stadt zu beschützen, entfesselt Amata irgendwie den legendären Mecha Aquarion.