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Die Mutation einer Mikroben-Art, die Captain Bridger zwölf Jahre zuvor in der Antillenregion zur Bekämpfung einer bedrohlichen Wasserverschmutzung eingesetzt hatte, droht, sämtliches Leben im Meer zu zerstören. Lucas entwickelt ein Enzym, von dem Captain Hudson und er sich durchschlagenden Erfolg bei der Vernichtung der mutierten Mikrobe versprechen. Captain Bridger, der herbeigeeilt ist, nachdem er von der drohenden Katastrophe erfahren hat, warnt vor dem Aussetzen des Enzyms. Und tatsächlich erweisen sich seine dringenden Warnungen als nur zu begründet: Nach einem kurzzeitigen Prozess der Verbesserung der Wasserqualität, kippt der Regenerationsprozess in sein krasses Gegenteil um. Das verseuchte Meerwasser greift nun sogar die Bio-Schutzhaut der seaQuest an, dringt in das U-Boot ein und verursacht schwerste Erkrankungen unter der Besatzung. Bridger versucht unterdessen verzweifelt, auf eigene Faust ein Antigen zu finden, das den zerstörerischen Prozess noch aufhalten könnte. Dabei muss er gegen Captain Hudson arbeiten, der die einzige Lösung des Problems in der kompletten atomaren Auslöschung der Region einschließlich der seaQuest sieht…