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Mittlerweile sind zehn Jahre vergangen, seit die seaQuest bei ihrer Mission auf dem Planeten Hybrion verschwand. Plötzlich erscheinen an den verschiedensten Orten auf der Erde Mitglieder der alten Crew und schließlich wird auch das U-Boot gefunden. Die UEO bestimmt Oliver Hudson zum neuen Captain. Dieser steht auch gleich vor seinem ersten Einsatz. Er muss den tyrannischen Präsidenten Bourne stoppen, der alle Macht an sich reißen will.