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Ash und Co. treiben, nachdem sie in der letzten Folge durch eine Attacke Pikachus wegkatapultiert wurden, im Meer. Ein U-Boot taucht direkt unter ihnen auf, sodass sie darauf landen. Schon bald bemerken sie, dass es sich um Team Magmas U-Boot handelt, welches sie mit in ihre Basis nimmt. Nachdem sie entdeckt wurden, stellt Marc sich ihnen als Chef von Team Magma vor und nimmt die Kinder mit in sein Büro. Währenddessen ist Shelly in die Magma Basis eingebrochen und versucht das dort eingesperrte Kyogre zu befreien. Marc erzählt Ash und seinen Freunden in dieser Zeit von seinen Plänen, der Blauen Kugel und, dass er Kyogre gefangen hat, während Adrian Groudon und die Rote Kugel in seinem Besitz hat. Außerdem erwähnt er, dass Team Magma auf dem Weg zur Monsu-Insel ist, um mit Team Aqua zu verhandeln.