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Kowalskis neueste Erfindung, die Strahlenkanone, soll eigentlich verdorbene Nahrung wieder in einen frischen Zustand umwandeln. Allerdings landet sie unfreiwilligerweise in der Kanalisation und feuert zuvor auch noch auf Skipper, der sich umgehend in einen kleinen, süßen, flauschigen Babypinguin zurückverwandelt. Um das rückgängig zu machen, muss die Kanone wieder her. Private, Kowalski und Rico geben Baby-Skipper in die Obhut von King Julien und tauchen in das Reich des Rattenkönigs ab
Savio, die gefährliche Riesenboa, ist aus dem Hoboken-Zoo ausgebrochen und auf dem Weg in den Central-Park-Zoo, um fürchterliche Rache an den Zootieren zu nehmen. Die Pinguine errichten ein ausgeklügeltes Abwehrnetz um sich vor Savio zu schützen. Doch die Schlange durchbricht alle Schutzmechanismen und lockt die Tiere in eine Falle, um Vergeltung zu üben