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Root hat Shaw entführt. Sie will die Agentin überzeugen, ihr bei einem Einsatz zu helfen, welchen ihr die Maschine aufgetragen hat. Während Reese auf der Suche nach Shaw ist, muss sich Finch allein um die neue Nummer kümmern, die zu Timothy Sloan gehört, einem Erbenermittler am New Yorker Standesamt. Finch arbeitet undercover mit ihm als sein neuer Partner. Als er ihn bei einem Einbruch in die Wohnung eines kürzlich Verstorbenen erwischt, stellt sich heraus, dass es sich bei dem Toten – Jason Greenfield – um Sloans Pflegebruder handelt. Jason war ein begabter Computerhacker und hatte sich offensichtlich mit den falschen Leuten angelegt. Sloan und Finch versuchen nun gemeinsam, die letzten Wege von Jason nachzuverfolgen und stoßen dabei auf leere Mietlager. Mit einer Schwarzlichtlampe entdecken die beiden einen Code an den Wänden. Finch kennt diesen Code bereits von Peter Collier, dem Anführer der Organisation ‚Vigilance‘. Um die Geheimschrift zu dechiffrieren, braucht Finch den Schlüssel. Dafür durchsuchen Reese und Sloan erneut Jasons Wohnung und finden tatsächlich das Buch, mit dessen Hilfe die Texte gelesen werden können. Das wollen Peter Collier und seine ‚Vigilance‘-Männer allerdings verhindern. Sie überfallen die beiden in Jasons Wohnung und entführen Sloan. Über die dechiffrierten Texte erfährt Finch, dass Jason noch lebt, im CIA-Gewahrsam ist und von Vigilance gewaltsam „befreit“ und getötet werden soll. Es stellt sich heraus, dass es Roots Mission ist, Jason aus dem Gewahrsam zu befreien.