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Ohne zu wissen, was der eigentliche Auftrag ist, überfällt Root einen Gefangenentransporter und befreit den Sträfling Billy. Dieser soll für sie einen geheimen Brief abfangen. Als nächstes muss sie sich des Hausmeisters Cyrus annehmen. Doch nicht nur Root wurde auf ihn angesetzt. Auch Finch hat seine Nummer von der Maschine erhalten. Cyrus muss beschützt werden, denn sowohl die Terrorgruppe Vigliance als auch Decima haben es auf ihn abgesehen. Der Hausmeister soll ihnen Zugang zu der geheimen NSA-Anlage verschaffen. Dort befindet sich ein neuer, hochleistungsfähiger Computerchip, wie Root in dem Brief erfahren hat. Und genau dieser Chip fehlt noch, um Samaritan, die zweite Maschine, in Gebrauch zu nehmen. Doch das gilt es unbedingt zu verhindern?