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Twilight reist in der Zeit zurück, den Ursprung der Elemente von Harmonie, um einen Weg zu finden die Prinzessinnen zu retten und wieder Ruhe im Everfree Forest herzustellen. Twilight erfährt, dass sie mit ihren Freunden tief in den Wald, der jetzt gefährlicher als zuvor ist, vordringen und den Baum der Harmonie heilen muss. Aber da Princess Celestia und Princess Luna nicht anwesend sind, machen sich die Freunde Sorgen, da sie sie auf dieser gefährlichen Mission begleiten will und bestehen darauf, dass sie zurückbleibt, um ein Ausbreiten der Panik in Equestria zu verhindern. Obwohl ihr die Entscheidung ihrer Freunde Kummer bereitet, willigt sie ein zurückzubleiben. Bis eine spitze Bemerkung von Discord sie dazu verleitet doch ihren Freunden nachzureisen. Nachdem sie einige gefährliche Hindernisse im Everfree Forest überwunden hat, stößt sie am Baum von Harmonie zu ihren Freunden. Zusammen bringen sie die Elemente von Harmonie zurück zum Baum, damit er sich heilen kann. Sobald die Elemente wieder an Ort und Stelle sind, beginnt der Baum zu glühen, Pricess Celestia und Princess Luna werden wieder freigegeben und ein glitzernder Kristallregenbogen breitet sich um die Ponys aus. Plötzlich erscheint eine goldene Truhe aus dem Herzen des Baumes, der kristallene Regenbogen verschwindet in der Truhe und der Deckel knallt zu. Nachdem Twilight die sechs Schlösser an der Truhe bemerkt hat, ist sie verwirrter als zuvor. Aber Princess Celestia beruhigt sie und sagt ihr, dass sie das Rätzel nicht alleine lösen muss. Die Ponys reisen nach Ponyville zurück, da alles wieder zur Normalität zurückgekehrt ist. Sie treffen auf den gerissenen Discord, der zugibt, dass er etwas mit den Ranken zu tun hatte, die den Baum von Harmonie befallen haben.