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Wenn Gripen während einer Testsimulation eine minderwertige Leistung erbringt, darf Kei zum ersten Mal die Kontrolle über eine "Tochter" übernehmen. Als sich der kritische Testflug nähert, findet Yashirodōri heraus, dass sich Gripens Gehirnwellen bei ihrem ersten Treffen mit Keis synchronisiert haben und dass ihre innere Stabilität stark von seiner Nähe zu ihr abhängt. Bei einer Begegnung mit antipathischen JASDF-Mitgliedern erfährt Kei jedoch, dass Anima mithilfe der geborgenen Xi-Technologie erstellt wird, was zu einem emotionalen Konflikt in ihm führt. Am Tag des Testfluges erhält er jedoch eine Nachricht von Gripen, dass sie von ihrer Zai-Herkunft weiß, sich aber entschieden hat, um der Menschheit willen zu kämpfen. Kei entscheidet, dass er sie nicht verlassen kann und rennt nach Komatsu, um an ihrem Testflug teilzunehmen. Aber Gripen erleidet einen weiteren Zusammenbruch und ein Zai-Kämpfer greift unerwartet ein, um anzugreifen. Doch bevor Gripen abgeschossen wird, greift eine andere Anima - Eagle - ein und besiegt den Feind.