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Auf seinem Koffer treibt Felix erschöpft und hoffnungslos mitten auf dem Ozean, als plötzlich ein U-Boot auftaucht. Es ist die Nautilus von Kommandant Nemo auf der Suche nach dem untergegangenen Kontinent Atlantis. Der Schiffbrüchige wird an Bord genommen, doch von der Besatzung, die ausschließlich aus ausgestorbenen Tieren besteht, schikaniert. Als die Mannschaft unter Anführung zweier Dodos meutert, werden Felix und der Kapitän in den Bunker gesperrt, können sich aber befreien. Durch Zufall entdeckt Felix auf der Seekarte eine unerforschte Insel. Es ist das verloren geglaubte Atlantis, wodurch Nemo endlich an sein Ziel gelangt ist.