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Schon vor langer Zeit war Commander Scott Keller, der Gefährte und Freund von Captain Bridger, an der Seite des blinden Astrophysikers Tobias LeConte zu einer interstellaren Reise aufgebrochen, die die beiden schließlich bis zu LeContes Heimatplaneten Hyberion führen sollte. Überraschend taucht Commander Keller eines Tages als virtuelle Erscheinung auf der seaQuest auf und bittet seine Freunde und ehemaligen Kollegen dringend um Hilfe. Als Treffpunkt gibt er einen bestimmten Ort im Ozean an, zu dem das U-Boot sofort aufbricht. Doch als Captain Bridger und seine Crew den verabredeten Treffpunkt erreichen, kommt es zu einer Katastrophe: Die seaQuest wird von einem riesigen außerirdischen Raumschiff aus dem Meer gezogen und mit unvorstellbarer Geschwindigkeit ins All transportiert. Schließlich wird die Crew und ihr Boot in einem scheinbar endlosen Ozean wieder zu Wasser gelassen. Wie sich herausstellt, befindet sich das U-Boot auf dem völlig überfluteten Planeten Hyberion. Kurz darauf erscheint Tobias LeConte und erklärt Captain Bridger den Grund der Entführung: Die seaQuest soll an der Seite der Resistance gegen die so genannten Kray Taks kämpfen, die mit Hilfe von riesigen Nuklear-Sprengköpfen die Eiskappen des Hyberion-Pols gesprengt und den Planeten überflutet hatten. Das nächste Ziel der hochgefährlichen und schlagkräftigen Kray Taks ist nun der Planet Erde, den das gleiche Schicksal treffen soll wie Hyberion. Doch wird es der seaQuest gelingen, der atomaren Übermacht Einhalt zu gebieten, oder handelt es sich um eine ausweglose Mission und damit den letzten Auftrag des gigantischen U-Bootes und seiner Besatzung?