Für einen sicheren Internetzugang ist eine kurze Anpassung notwendig.
Madoka trifft die Entscheidung, ein magisches Mädchen zu werden und möchte verhindern, dass alle Hexen existieren. Die paradoxe Natur ihres Wunsches führt dazu, dass sie sich in einen gottähnlichen Psychopomp verwandelt und ein neues "Gesetz der Zyklen" begründet, in dem magische Mädchen gereinigt werden und in eine höhere Ebene verschwinden, anstatt Hexen zu werden. Homura kehrt in eine Welt zurück, in der Mami und Kyōko noch am Leben sind, während sich nur Homura daran erinnert, dass Madoka existierte. Sie und die anderen magischen Mädchen kämpfen weiterhin gegen neue Kreaturen namens Wraiths und Homura schwören, zu Ehren von Madoka weiter zu kämpfen, und die Serie endet mit einem Cliffhanger.