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Während sich die Root Academy auf ein Kulturfestival vorbereitet, bei dem Kaito widerwillig an einem Crossdressing-Wettbewerb teilnimmt, stimmt der Schulleiter, Baron Kaidou, zu, ein Kenja-Puzzle innerhalb der Akademie zu installieren. Gerade als Kaito sein Crossdress anzieht, erfährt er, dass Nonoha für das Kenja-Puzzle als Geisel genommen wurde, in dem er Äpfel von wahrheitserklärenden Zwergen essen und vergifteten vermeiden muss, bevor die Kulisse abbrennt. Kaito erfährt bald von dem Geber, der ihm Orpheus gewährt hat, der heimlich der Studentenpräsident Souji Jikukawa ist, dass wichtige Informationen, die zum Lösen des Rätsels benötigt werden, absichtlich weggelassen wurden. Souji liefert die restlichen Informationen für das Rätsel, sodass Kaito es lösen und Nonoha befreien kann, bevor er Hilfe von Cubic erhält, um sie aus dem einstürzenden Bereich zu retten.