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Der Inhaber eines Kölner Trödlerladens wird vom alten Stadtstreicher Rudi (Heinz Schubert) tot in seinem Laden aufgefunden. Der eintreffenden Polizei verweigert Rudi die Aussagen, will nur mit dem „Onkel“, dem pensionierten Hauptkommissar Hermann-Josef Klefisch (Willy Millowitsch), sprechen. Nur widerwillig erklärt sich der ermittelnde Kriminalbeamte Michael Döpper (Dietmar Bär) bereit, Klefisch einzuschalten. Klefisch erkennt schnell, daß sein alter „Kunde“ Rudi unschuldig und nur zufällig am Tatort ist. Döpper ignoriert diese Tatsache und nimmt Rudi erst einmal fest. Die alte Spürnase Klefisch läßt es sich darauf hin nicht nehmen, auf eigene Faust Nachforschungen im Millieu anzustellen.
Steht Döpper dem alten Fuchs anfangs noch skeptisch und ablehnend gegenüber, verbindet sie zum Ende von „Ein Fall für Onkel“ gegenseitiger Respekt.