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Ein brutaler Angriff der Chimäre, des neuen Human-Gauna-Hybriden, zerstört die Überreste der Riesen-Gauna. Kapitän Kobayashi scheint mit Kunato (Ochiai) und anderen befallenen Sidonia-Besatzungsmitgliedern in einer Liga zu sein. Die Chimäre Tsumugi Shiraui stellt sich der Sidonia-Crew als menschlicher Geist vor, der ein Gauna-Schiff kontrolliert.