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Die Turtles geraten in einen Monsterhinterhalt. Die mutierten Bestien haben jedoch nur angegriffen, weil sie die Turtles für feindliche Wissenschaftler gehalten haben. Gemeinsam kämpfen sie nun gegen die restlichen Monster im Untergrund, bei denen die genetische Manipulation weiter fortgeschritten ist. Als die Turtles einen Kristall finden, der das Kraftfeld aktiviert, werden sie von den Feinden angegriffen. Donatello öffnet mit der Energie des Kristalls einen Gang und ist plötzlich verschwunden.