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Ein Junge namens Neku Sakuraba befindet sich inmitten von Shibuya, entdeckt, dass er sich in einem Flugzeug befindet, das als Underground bekannt ist, getrennt von dem Realground, auf dem sich normale Leute befinden. Als er eine Mission auf seinem Telefon erhält, die ihm sagt, dass er das 104-Gebäude erreichen oder sonst gelöscht werden soll, greifen Monster, die als Noise bekannt sind, Neku an. Ein Mädchen namens Shiki Misaki rettet ihn und sie schließen einen Pakt, der ihm die Möglichkeit gibt, "Psychs" einzusetzen, um den Lärm zu besiegen. Da Neku keine Erinnerung daran hat, wie er dort gelandet ist, erklärt Shiki, dass sie am Reapers' Game teilnehmen, in dem sie Missionen erfüllen und sieben Tage überleben müssen. Am zweiten Tag, als Neku von Shiki erfährt, dass er die Gedanken von Nichtspielern lesen kann, treffen sie zwei andere Spieler, Daisukenojo "Beat" Bito und seinen Partner Rhyme, die ihnen helfen, gegen mehr Lärm zu kämpfen. Neku wird durch den Einfluss des Rauschens negativ beeinflusst,und die Reaper Uzuki Yashiro und Kouki Kariya versuchen, Neku, der Amnesie hat, dazu zu bringen, Shiki zu töten, aber sie werden von einem mysteriösen Mann aufgehalten. Als Neku sich bei Shiki für seine Taten entschuldigt, werden sie von Band 777 unterstützt, um die Noise-Kreatur Vespertilio Canor zu finden und zu besiegen.