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Charlie (Adam Kaufman), der seit neun Jahren nicht mehr von Ausserirdischen entführt wurde, zeichnet mit seiner Videokamera Gespräche von Menschen auf, die dieselben Erfahrungen gemacht haben wie er. Als er eines Tages in der Gruppentherapie von Lisa (Emily Bergl) auftaucht, spüren beide sofort, dass sie sich schon kennen. Unter Hypnose wird ihnen klar, dass sie vor neun Jahren gleichzeitig entführt wurden und Charlie der Vater von Lisas Tochter Allie (Dakota Fanning) ist. Das geheime Regierungsprogramm wird unterdessen weitergeführt. Doktor Wakeman (Matt Frewer) und Mary Crawford (Heather Donahue) haben Allie längst im Visier, sie scheint ihnen der Schlüssel zu all ihren Fragen. Als sie mithilfe von FBI-Beamten die Kleine während eines Fussballspiels zu entführen versuchen, gelingt es Allie nur dank ihrer übernatürlichen Kräfte, ihren Häschern zu entkommen. Währenddessen eskaliert ein Streit in der Therapiegruppe von Lisa und Charlie: Ray (Brian Markinson) bedroht die anderen Mitglieder mit einer Waffe und verlangt, einen Verantwortlichen des extraterrestrischen Programms zu sprechen. Er droht, sonst alle Anwesenden zu erschiessen. Im allgemeinen Chaos geht ein Schuss los und verletzt Charlie schwer. Doch dann taucht Allie unerwartet im Therapieraum auf.