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Ein Highschool-Mädchen begeht Selbstmord, indem es spät in der Nacht von einem Dach springt. Eine Woche später erhalten die Schüler E-Mails von dem Mädchen namens Chisa Yomoda, die behaupten, dass sie nur ihren Körper aufgegeben hat, aber tatsächlich noch in der virtuellen Welt lebt, die als Wired bekannt ist, und sagt, dass es dort einen Gott gibt. Nachdem sie eine dieser E-Mails erhalten hat, interessiert sich die introvertierte 14-jährige Lain Iwakura viel mehr für Computer und bittet ihren technikbegeisterten Vater Yasuo Iwakura um ein neues NAVI-Computersystem. Als sie am nächsten Tag zur Schule zurückkehrt, schreibt die Tafel eine unterschwellige Nachricht, die sie einlädt, so schnell wie möglich zum Wired zu kommen, die offenbar von Chisa selbst geschrieben wurde.