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Während Callen (Chris O'Donnell) und Sam Hanna (LL Cool J) sich an Bord der USS Allegiance befinden, wird das Schiff unter Quarantäne gestellt, um eine mögliche Kontamination durch Ebola zu vermeiden. Derweil untersuchen Kensi (Daniela Ruah) und Deeks (Eric Christian Olsen) den Mord an einem Petty Officer (Brett Davern), der auf dem Schiff vor kurzem noch diente.