Für einen sicheren Internetzugang ist eine kurze Anpassung notwendig.
Naruto steht vor Nagato und Konan und möchte von Nagato seine Geschichte wissen, bevor er sich entscheidet, ob er ihn tötet. Nagato erzählt ihm dann, wie er Yahiko und Konan und später die drei legendären Sannin traf. Seine Geschichte beginnt, als zwei Shinobi Nahrung in seinem Haus gesucht haben. Die Eltern von Nagato und er haben sich vor den hungrigen Shinobi im Haus versteckt. Als sie sich rausschleichen wollen, kommt Nagato gegen eine Vase, die runterfällt. Die beiden Shinobi haben es gehört und finden Nagato und seine Eltern. Der Vater lenkt sie ab, während Nagato mit seiner Mutter verschwinden soll. Doch der zweite Shinobi tötet dessen Mutter. Im Sterben sagt sie zu ihm, dass er verschwinden soll, doch das tut er nicht und so töten sie noch seinen Vater. Als sie sehen, dass es doch keine Shinobi sind, sieht Nagato das Stirnband von den Ninjas mit dem Konohazeichen drauf. Nachdem er Zeuge von dem Tod seiner Eltern wird, aktiviert Nagato sein Rin'negan und tötet die beiden Konoha-Shinobi. Nachdem er die beiden getötet hat, erwacht er später neben seinen toten Eltern und den toten Shinobi wieder auf. Nagato verlässt seine Heimat, um irgendwas zum Essen zu finden. Auf dem Weg findet er einen Hund namens Chibi. Später trifft er Konan und Yahiko, die ihm und Chibi etwas zum Essen geben, das sie von anderen stehlen und genau wie Nagato ihre Eltern verloren haben. Yahiko erzählt Nagato, dass es in Ordnung ist, Essen zu stehlen, weil es harte Zeiten sind. So müssen sie selbständig werden, um Sachen zu stehlen. Die drei suchen die drei Sannin auf, nachdem sie Zeugen wurden vom Kampf gegen Hanzou. Auf dem Schlachtfeld explodierte eine Falle, die den Hund Chibi tötet. Begeistert von der Stärke der Sannin, wollen sie von ihnen trainiert werden. Um sie aber zu finden, müssen sie immer tiefer und tiefer in die Schlacht. Auf dem Weg finden sie einen toten Shinobi mit einer Sprengfalle. Nach einer Weile kommen sie bei einen Abhang an. Plötzlich kommen hunderte Kunais, die explodieren. Bei der Explosion schützt sie Nagato mit seinem Rin'negan. Vom Druck stürzen sie ins Wasser. Doch sie haben es alle überlebt. In einer Höhle finden sie dann die drei legendären Sannin.