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Conan und seine Freunde entdecken zusammen mit dem stellvertretenden Klassenlehrer Wakasa ein Skelett in einem alten Lagerschuppen der Schule. Das Opfer ist etwa zehn Jahre zuvor gestorben. Vor zehn Jahren brach eine Gruppe von vier Dieben in das Haus eines wohlhabenden Mannes ein und floh mit Goldbarren im Wert von 200 Millionen Yen. In derselben Nacht wurde eine Gruppe verdächtiger Personen beim Betreten der Teitan-Grundschule gesehen. Conan und seine Freunde versuchen, den Code zu knacken, der auf dem Stirnband steht, das in der Hand des Skeletts gefunden wurde. Conan erkennt, dass der Stundenplan, den Ayumi im Lagerschuppen gefunden hat, der Schlüssel zum Knacken des Codes ist.