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Rosa, Professor Laytons Assistentin, hat einen letzten Wunsch. Sie möchte noch einmal im Leben Professor Layton, Katrielles Vater, wiedersehen. Deshalb bittet sie Katrielle, die Umstände von Laytons Verschwinden aufzuklären. Die Ermittlungen führen Katrielle in die Vergangenheit, zu Professor Laytons Partner Luke Triton und zu dem seit Jahrzenten ungelösten Rätsel der uralten Reliktsteine.