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Agent Coopers böser Doppelgänger (Kyle MacLachlan) konnte aus dem Knast fliehen. Von Gangster Ray (George Griffith) will er endlich die gesuchten Informationen erhalten. Doch der schießt ihn kurzerhand über den Haufen und lässt ihn – vermeintlich tot – zurück. Unterdessen beginnt mit der Zündung der ersten Atombombe 1945 in New Mexico eine Kette von Ereignissen, die mit Agent Cooper und Twin Peaks in einem rätselhaften Zusammenhang zu stehen scheinen.