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Nach den Enthüllungen in Baltimore schließen sich Captain Chandler (Eric Dane) und sein Team einer Widerstandsgruppe aus dem Untergrund von Baltimore an, um Amy Granderson (Alfre Woodard) zu entmachten. Auf der USS Nathan James kämpft Mike Slattery (Adam Baldwin) gegen die feindlichen Besatzer, sie setzen alles daran das Gegenmittel vor den Angreifern geheimzuhalten.