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Kindaichi und seine Freunde gehen in die Oper, die dem Musiker Hibiki gehört, um sich „Das Phantom der Oper“ live anzusehen. Miyuki und Saki freuen sich darauf, die berühmte Schauspielerin Leona Kōzuki kennenzulernen, die die weibliche Hauptrolle spielt. Während des Empfangs kommt es zu einem Konflikt zwischen dem ehemaligen Ensemblemitglied Himori und anderen anwesenden Mitwirkenden. Die Probe beginnt unter der Leitung von Regisseur Kageshima und Izumi steht in der Mitte der Bühne. Doch schon im nächsten Moment kracht der Kronleuchter auf Izumi herunter und nimmt ihr das Leben. Der Journalist Shiragami glaubt nicht, dass es ein Zufall war, sondern das Werk eines Phantoms, welches im Opernhaus sein Unwesen treibt. Nachdem der Schatten des Phantoms vor Leona und Inspektor Kenmochi auftaucht, nimmt das Unheil seinen weiteren Lauf. Die Freunde und der Inspektor erfahren, dass der begabte Kiryū vor drei Jahren die Rolle des Phantoms mit einer grenzenlosen Leidenschaft verkörpert hat. Bei einem Brand erlitt er schwere Verbrennungen im Gesicht. Wegen seines Aussehens und seines Schicksals nannten sie ihn Phantom. Nun befürchten seine früheren Kollegen, dass Kiryū sich seine Rolle als Phantom zu Herzen genommen hat und auf Vergeltung aus ist. Was wird Kindaichi im labyrinthartigen Untergeschoss des Opernhauses vorfinden?