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Auf der Suche nach Handelspartnern, von denen sie Nahrungsmittel importieren können, landet das Atlantis-Team auf dem Planeten der Genii, einem sehr scheu wirkenden Volk von Farmern. Cowen, der Anführer der Genii, verlangt im Austausch für Lebensmittel C-4 und Medizin. Dr. Weir hat schwere Bedenken dabei, die Genii mit Sprengstoff zu beliefern, doch wegen der schwierigen Versorgungslage in Atlantis bleibt ihr nichts anderes übrig als zuzustimmen. Auf dem Rückweg zu den Genii macht Dr. McKay jedoch eine beunruhigende Entdeckung: Er misst radioaktive Strahlung. Bei der Suche nach der Ursache entdecken Sheppard und er, dass die Genii offensichtlich im Untergrund Atombomben entwickeln, um sie gegen die Wraith einsetzen zu können. Da es gegen den gemeinsamen Feind geht, bietet Dr. McKay Cowen den Genii seine Hilfe an. Aber als Dr. Weir erfährt, dass Cowen vorhat, die Bienenstockschiffe der Wraith, in denen sich unter anderem auch deren menschliche Gefangene befinden, mit Atombomben zu zerstören, will sie auf keinen Fall mit den Genii zusammenarbeiten. Allerdings wird sie von den anderen überstimmt. Doch gleich bei der ersten gemeinsamen Aufklärungsmission erweisen sich die Genii als äußerst zweifelhafte Verbündete...