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Während sich Peter auf den ersten Schultag nach den Sommerferien vorbereitet, kämpft er nebenher in Gestalt von Spider-Man gegen die Bösewichte New Yorks. Er versucht, die Vollstrecker Ox und Fancy Dan sowie den verrückten Wissenschaftler Toomes in Schach zu halten. Toomes will sich an Harrys Vater dafür rächen, dass er ihm seine Erfindung gestohlen hat. Spider-Man will seinem Freund Harry ein Schicksal als Waise um jeden Preis ersparen, und stellt sich Toomes in den Weg …