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Rouge, Topaz, Knuckles und die Regierung brechen in Eggmans Basis ein und versuchen, diese zu erobern. Unterdessen versuchen auch Sonic und seine Freunde, die Basis von Eggman einzunehmen und den Chaos Emerald zurückzubekommen. Aber Eggman hält eine große Überraschung für Sonic bereit ...