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Das Großprojekt Nimbus III, ein Planet, auf dem die drei verfeindeten Völker Föderation, Klingonen und Romulaner friedlich miteinander leben sollten, wurde zu einem von Ausstößigen bevölkerten Wüstenstaat. Der Vulkanier Sybock, Spocks Halbbruder, nutzt die Gunst der Stunde und bringt die Siedler des Planeten Nimbus unter seine Kontrolle. Zur Wiederherstellung der galaktischen Ordnung wird das Raumschiff Enterprise herbeigerufen, dessen Besatzung nichts von dem chaotischen Zustand in der Himmelssphäre mitbekommen hat. Doch der Hilferuf stellt sich als Hinterhalt heraus. Sybok und seine Anhänger bemächtigen sich des Raumschiffes und nehmen Kirk und seine Crew gefangen. Mit der Enterprise ausgestattet glaubt der von seinem Plan besessene Sybok in das Zentrum der Galaxis vordringen zu können.
Dort meint er, den Planeten Shakari zu finden, auf dem Gott in seinem paradiesischen Reich residieren soll. Auf Shakari will er dem Schöpfer allen Lebens gegenübertreten und sich anschließend dessen Macht einverleiben. Kirk, Spock und McCoy, die erkennen, welche Gefahr von seinem wahnsinnigen Vorhaben ausgeht, versuchen, ihm das gekaperte Schiff wieder abzunehmen, scheitern jedoch an ihrer Unterzahl, da die restliche Crew ebenfalls Sybocks Hypnose erlegen ist. Mit der in Gewahrsam genommenen Besatzung der Enterprise im Gepäck stößt Sybock tatsächlich auf den als nicht existent geglaubten Planeten. Dort angekommen begegnen Kirk, Spock, McCoy und Sybock einem Wesen, das sich als Gott ausgibt, woran vor allem Kirk jedoch stark zweifelt.
In Wahrheit handelt es sich um eine energetische Macht, die mit der Enterprise versuchen will, dem Planeten Shakari zu entkommen. Um den Fängen des überlegenen Energiewesens zu entkommen, müssten sich die Galaxiebewohner zusammenschließen, was jedoch aufgrund der egoistischen Pläne Sybocks unmöglich scheint. Wird er sie alle in den Untergang treiben?