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Kowalskis brandneuer Feindaufspürscanner arbeitet durch einen Kalibrierungsfehler genau entgegengesetzt. Freunde erkennt es als Feinde und umgekehrt. Beim Versuch den Scanner außer Betrieb zu setzen, lädt sich die Alarmprogrammierung versehentlich auf Skipper runter, der fortan Freund und Feind verwechselt, sich gegen die Pinguine stellt, auf „Beste Freunde“ mit Lars und King Julien macht und das Chaos nimmt seinen Lauf …
Ein Mal im Jahr findet der so genannte „Zoo-Schlummer“ statt, wo Kinder die Möglichkeit haben eine ganze Nacht im Zoo zu verbringen und dort unter freiem Himmel zu schlafen. Normalerweise wimmelt es dann nur so vor aufgeregten kleinen Zwergen, doch in dieser Nacht gibt es genau zwei Übernachtungsgäste: die Vesuvius-Zwillinge. Sie haben einfach alle Tickets aufgekauft um den Zoo ganz für sich allein zu haben – natürlich mit dem Hintergedanken dann sämtliche Zootiere in Ruhe quälen zu können. Doch es kommt anders als gedacht, denn die Zoobewohner nutzen auch ihre Chance – schließlich sind die gemeinen Zwillinge ihnen mindestens genauso ausgeliefert