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Der Kapitän des Kreuzfahrtschiffes „Victoria“ erhält eine Bombendrohung. Um ihren Forderungen Nachdruck zu verleihen, sprengen die Erpresser die Wetterstation in die Luft. Der Kapitän des Schiffes kommt dabei ums Leben. Nun übernimmt der Erste Offizier des Schiffs, Carole Tanner, die Brücke. MacGyver und sein Freund Charlie Robinson werden per Helikopter auf das Schiff abgeseilt. Sie sollen die gefährliche, hochkomplexe Bomben entschärfen. Das ist leichter gesagt als getan, denn bei dieser Bombe war ein kriminelles Genie am Werk. Dann entdecken sie einen weiteren Sprengsatz an Bord …