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Trupp 13 macht sich auf den Weg ins All, um zu Zero Two zu gelangen, die nach wie vor in Strelizia Apath mit den Kyoryuu gegen die VIRM kämpft. Derweil bleiben Kokoro und Mitsuru auf der Erde zurück, wo sie ihren ganz eigenen Kampf zu führen haben. Im All sehen sich die Kinder mit einer übermächtigen VIRM-Armada konfrontiert. Wird es Hiro gelingen, sich zu Zero Two durchzukämpfen?