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Annies Ex-Freund Ben Mercer (Eion Bailey) meldet sich zurück. Und dieses Mal braucht er die Hilfe der Agency. Jahre zuvor sollte Ben in Sri Lanka einen Wissenschaftler töten, doch aus Mitgefühl ließ er ihn am Leben und brachte ihn an einen sicheren Ort. Derselbe Wissenschaftler befindet sich erneut in Lebensgefahr: Er soll für Terroristen eine schmutzige Bombe bauen. Ben und Annie (Piper Perabo) begeben sich nun auf eine Rettungsmission – an den Ort, an dem sich beide kennen lernten.