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Ein gefährlicher Mörder tanzt den Ermittlern auf der Nase herum: Nach der Verhaftung von Thomas Gage verschwindet nicht nur dessen totes Opfer aus der Gerichtsmedizin. Kurz darauf ist auch der Täter verschwunden. Bei der fieberhaften Suche nach dem Verbrecher treffen Castle und Beckett auf ein Geheimversteck des CIA und die Agentin Sophia Turner, die einst Castles Muse war. Sie klärt die Ermittler über ein Katastrophenszenario auf, das Gage plant: „Pandora“.